REVIEW TERKAIT BIOINFORMATIKA PERIKANAN
Identifikasi Molekular
Bakteri Patogen dan Desain Primer PCR
(Molecular
Identification Of Pathogenic Bacteria and PCR Specific Primer Design)
Muh. Aris1),
Sukenda 2), Enang Harris 2), M. Fatuhcri Sukadi 3), Munti Yuhana 2)
Penyebaran
penyakit ice – ice yang menyerang
rumput laut Kappaphycus alvarezii semakin
meningkat. Penyakit ice – ice ini
menyerang hampir di seluruh pengembangan produksi rumput laut di Indonesia.
Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan penyakit ice – ice disebabkan karena adanya serangan bakteri patogen. Dari
hal tersebut dalam pengelolaan budidaya rumput laut perlu memperhatikan kondisi
dari rumput laut (rumput laut dalam kondisi sehat dan bebas penyakit). Selama
ini identifikasi dan deteksi bakteri patogen dilakukan dengan mengamati gejala
klinis, karakteristik dan kejadian pada lokasi budidaya. Meskipun cara ini
penting untuk dilakukan, namun kurang akurat untuk menentukan informasi variasi
genetik dari bakteri. Metode yang cocok digunakan untuk identifikasi dan
deteksi bakteri patogen yaitu menggunakan teknik PCR, dengan menelaah profil DNA
gen 16S-rRNA maka dapat mendeteksi keberadaan gen target secara cepat. Untuk
mendapatkan primer spesifik maka perlu adanya data sekuen gen yang menyandikan
protein sejenis dengan fragmen yang nanti akan diamplifikasi oleh PCR, akan
tetapi primer spesifik untuk bakteri patogen penyakit ice – ice belum dilakukan sehingga memanfaatkan 16S rRNA untuk mendasain primer spesifik PCR.
Amplifikasi
membutuhkan primer spesifik dimana primer tersebut terdiri 10 – 20 nukleotida yang
dirancang pada daerah konservatif dalam genom. Apabila semakin panjang primer,
semakin spesifik daerah yang diamplifikasi. Adapun beberapa faktor yang
mempengaruhi amplifikasi yaitu seperti konsentrasi DNA, panjang primer, dan
komposisi basa primer. Apabila primer tidak sesuai maka tidak teramplifikasinya
pada daerah genom atau teramplifikasi tapi pada daerah lain. Optimasi suhu juga
sangat penting, karena jika suhu rendah menyebabkan tidak terbentuknya DNA,
tetapi suhu yang tinggi akan menyebabkan tidak terjadinya amplifikasi.
Sekuensing
merupakan cara untuk mengidentifikasi gen. Sekuen tersebut dibandingkan dengan
data sekuen pada gen bank. Hasil analisis sekuensing gen melalui situs National
Centre for Biotechnology Information/NCBI BLAST-N 2.0 menunjukkan adanya
kemiripan dengan bakteri Vibrio alginolyticus strain CIFRI V-TSB1. Desain primer dirancang
menggunakan program primer 3 (http://www.justbio.com/) berdasarkan Vibrio
alginolyticus dari rumput laut Kappaphycus
alvarezii. Analisis kelayakan primer menggunakan program oligocalculator properties didapatkan
primer spesifik dari Vibrio alginolyticus
adalah primer aSEFM-F dan aSEFM-R.
· Manfaat dalam
kehidupan yaitu dengan bioinformatika, masyarakat bisa
langsung mendapatkan perkembangan informasi yang berkaitan dengan dunia
perikanan dan langsung bisa menerapkan teknologi tersebut di dunia nyata.
· Kompetensi bioinformatika dalam
akuakultur adalah segala bentuk informasi
dan segala bentuk teknologi yang mendukung kegiatan dalam bidang perikanan:
seperti perekayasaan genetika, penerapan teknologi tepatguna, modifikasi pakan
bagi kultivan yang dipelihara. Contoh yang dapat kita ambil adalah rekayasa
genetika pada berbagai jenis ikan untuk menghasilkan suatu jenis ikan ataupun
kultivan yang memiliki sifat-sifat unggul, Penelitian berbagai sumber pakan
alami yang bermanfaat bagi pertumbuhan kultivan, Melakukan penelitian teknologi
tepatguna.
· Segi etis dalam
norma masyarakat, menimbulkan kontroversi dalam masyarakat terkait dengan
rekayasa genetik. Terkait efek samping terhadap kesehatan, efek terhadap
lingkungan serta sifat fisik yang dibuat menyamai makhluk lain.
· Relevansi
terhadap kehidupan, cukup relevan karena memberikan informasi terkait bidang
perikanan yang nantinya dapat dimanfaatkan untuk mengolah data serta merekayasa
genetik spesies perairan sehingga dapat meningkatkan usaha produksi.
selengkapnya dapat dilihat pada link berikut
selengkapnya dapat dilihat pada link berikut
