STEP BY STEP LOOKING FOR JOURNAL OF SCIENCEDIRECT

GENETIC AND NON-GENETIC INDIRECT EFFECTS FOR HARVEST WEIGHT IN THE GIFT STRAIN OF NILE TILAPIA (Oreochromis niloticus)

Hooi Ling Khawa^b, Raul W. Ponzoni ^c , HoongYipYee^b , Mohd Aznan bin Aziz^b , Piter Bijma^a

Afiliation: ELSEVIER (SCIENCEDIRECT)

Sifat dari individu tidak hanya dipengaruhi oleh genetik, akan tetapi juga dipengaruhi oleh faktor lingkungan dan hubungan dengan individu lain. Pengaruh dari sifat yang diwariskan individu pada nilai – nilai sifat individu lainnya, keduanya dapat berinteraksi dan dikenal dengan efek genetik secara tidak langsung. Dengan demikian efek genetik secara tidak langsung dapat mempengaruhi respon proses seleksi, untuk mendapatkan rata – rata pertumbuhan yang tinggi dalam seleksi ikan sehingga dapat diambil contoh seperti ikan yang lebih agresif dan kompetitif, yang mungkin dapat menurunkan respon laju pertumbuhan. Tujuan utama dari penelitian ini untuk mengukur pengaruh genetik langsung dan tidak langsung terhadap berat saat panen pada strain GIFT ikan nila. Sebanyak 6330 yang dipanen digunakan untuk memperkirakan parameter genetik dan non genetik. Satu set parameter pengukur genetik tidak bisa sekaligus menyimpulkan bahwa ada pengaruh dari induk yg berasal dari lingkungan. Campuran antara pengaruh dari induk yg berasal dari lingkungan dan pengaruh langsung pada genetik menghasilkan strategi yang tepat, dimana induk jantan akan cocok dengan satu/dua pasangannya. Desain kecocokan dari 1 untuk jantan 2 betina merupakan desain budidaya secara umum, namun sangat sedikit untuk memperkirakan parameter genetik. Model dari tidak adanya pengaruh induk yg berasal dari lingkungan menunjukan IGE yg signifikan dalam bobot pada hasil panen, yang menyalurkan 48% dari perbedaan keturunannya. Korelasi genetik langsung atau tidak langsung menunjukan hasil panen yg negatif (−0.38 ± 0.19), diindikasikan bahwa dari seleksi tradisional, jika performa lingkungan tidak mendukung untuk ikan satu dengan lainnya maka akan terjadi peningkatan persaingan. Korelasi genetik negatif yang kuat antara pengaruh langsung dari pertahanan hidup dan efek tidak langsung pada berat panen (-0,79 ± 0,30) menunjukkan bahwa individu dengan gen yang lebih baik untuk bertahan hidup ditekan dengan tingkat pertumbuhan. Dari kesimpulan tersebut, dapat disarankan bahwa keturunan berhubungan dengan persaingan interaksi yang mempengaruhi hasil bobot panen ikan nila tilapia. Oleh karena itu, rencana pengembangbiakan dibutuhkan adaptasi untuk menghindari meningkatnya keagresifan pada seleksi laju pertumbuhan dalam persaingan lingkungan. Penelitian lebih lanjut memerlukan kajian tentang relevansi dari IGE dan dampak yang berbeda dari sistem produksi budidaya secara komersil.

Keywords:

Nila tilapia; Genetic improvement; Indirect genetic effect; Direct genetic effect; Maternal common environmental effect

lihat pada link dibawah ini

Link download Jurnal Perikanan (Google Drive): Jurnal Perikanan

Adapun langkah - langkah untuk mendownload jurnal sciencedirect open access adalah sebagai berikut:

1. Buka link www.sciencedirect.com, dan klik nama jurnal (jika jurnal yang dicari adalah jurnal aquaculture maka klik life science dan pilih agriculture science

2. Klik filter by subject (life science) dan klik apply

3. Pilih subject aquaculture atau aquaculture report (open access)

4. Pilih volume; tahun; dan jurnal yang diinginkan (jika open access berwarna orange, dan close access berwarna putih)

5. Klik download PDF

6. Muncul beberapa menu atau pilihan

7. Klik save untuk menyimpan

8. Simpan jurnal pada folder

9. Jurnal berhasil didownload

Review Bioinformatika Perikanan

REVIEW TERKAIT BIOINFORMATIKA PERIKANAN

Identifikasi Molekular Bakteri Patogen dan Desain Primer PCR

(Molecular Identification Of Pathogenic Bacteria and PCR Specific Primer Design)

Muh. Aris¹⁾, Sukenda ²⁾, Enang Harris ²⁾, M. Fatuhcri Sukadi ³⁾,  Munti Yuhana ²⁾

Penyebaran penyakit ice – ice yang menyerang rumput laut Kappaphycus alvarezii semakin meningkat. Penyakit ice – ice ini menyerang hampir di seluruh pengembangan produksi rumput laut di Indonesia. Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan penyakit ice – ice disebabkan karena adanya serangan bakteri patogen. Dari hal tersebut dalam pengelolaan budidaya rumput laut perlu memperhatikan kondisi dari rumput laut (rumput laut dalam kondisi sehat dan bebas penyakit). Selama ini identifikasi dan deteksi bakteri patogen dilakukan dengan mengamati gejala klinis, karakteristik dan kejadian pada lokasi budidaya. Meskipun cara ini penting untuk dilakukan, namun kurang akurat untuk menentukan informasi variasi genetik dari bakteri. Metode yang cocok digunakan untuk identifikasi dan deteksi bakteri patogen yaitu menggunakan teknik PCR, dengan menelaah profil DNA gen 16S-rRNA maka dapat mendeteksi keberadaan gen target secara cepat. Untuk mendapatkan primer spesifik maka perlu adanya data sekuen gen yang menyandikan protein sejenis dengan fragmen yang nanti akan diamplifikasi oleh PCR, akan tetapi primer spesifik untuk bakteri patogen penyakit ice – ice belum dilakukan sehingga memanfaatkan 16S  rRNA untuk mendasain primer spesifik PCR.

Amplifikasi membutuhkan primer spesifik dimana primer tersebut terdiri 10 – 20 nukleotida yang dirancang pada daerah konservatif dalam genom. Apabila semakin panjang primer, semakin spesifik daerah yang diamplifikasi. Adapun beberapa faktor yang mempengaruhi amplifikasi yaitu seperti konsentrasi DNA, panjang primer, dan komposisi basa primer. Apabila primer tidak sesuai maka tidak teramplifikasinya pada daerah genom atau teramplifikasi tapi pada daerah lain. Optimasi suhu juga sangat penting, karena jika suhu rendah menyebabkan tidak terbentuknya DNA, tetapi suhu yang tinggi akan menyebabkan tidak terjadinya amplifikasi.

Sekuensing merupakan cara untuk mengidentifikasi gen. Sekuen tersebut dibandingkan dengan data sekuen pada gen bank. Hasil analisis sekuensing gen melalui situs  National Centre for Biotechnology Information/NCBI BLAST-N 2.0 menunjukkan adanya kemiripan dengan bakteri  Vibrio alginolyticus  strain CIFRI V-TSB1. Desain primer dirancang menggunakan program primer 3 (http://www.justbio.com/) berdasarkan Vibrio alginolyticus dari rumput laut Kappaphycus alvarezii. Analisis kelayakan primer menggunakan program oligocalculator properties didapatkan primer spesifik dari Vibrio alginolyticus adalah primer aSEFM-F dan aSEFM-R.

·     Manfaat dalam kehidupan yaitu dengan bioinformatika, masyarakat bisa langsung mendapatkan perkembangan informasi yang berkaitan dengan dunia perikanan dan langsung bisa menerapkan teknologi tersebut di dunia nyata.

·    Kompetensi bioinformatika dalam akuakultur adalah segala bentuk informasi dan segala bentuk teknologi yang mendukung kegiatan dalam bidang perikanan: seperti perekayasaan genetika, penerapan teknologi tepatguna, modifikasi pakan bagi kultivan yang dipelihara. Contoh yang dapat kita ambil adalah rekayasa genetika pada berbagai jenis ikan untuk menghasilkan suatu jenis ikan ataupun kultivan yang memiliki sifat-sifat unggul, Penelitian berbagai sumber pakan alami yang bermanfaat bagi pertumbuhan kultivan, Melakukan penelitian teknologi tepatguna.

·    Segi etis dalam norma masyarakat, menimbulkan kontroversi dalam masyarakat terkait dengan rekayasa genetik. Terkait efek samping terhadap kesehatan, efek terhadap lingkungan serta sifat fisik yang dibuat menyamai makhluk lain.

·    Relevansi terhadap kehidupan, cukup relevan karena memberikan informasi terkait bidang perikanan yang nantinya dapat dimanfaatkan untuk mengolah data serta merekayasa genetik spesies perairan sehingga dapat meningkatkan usaha produksi.

selengkapnya dapat dilihat pada link berikut

REVIEW JURNAL APLIKASI SISTEM INFORMASI GEOGRAFIS DALAM AKUAKULTUR

Jurnal PERIKANAN dan KELAUTAN 15,2 (2010) : 111-120

APLIKASI SISTEM INFORMASI GEOGRAFIS DALAM PENENTUAN

KESESUAIAN KAWASAN KERAMBA JARING TANCAP DAN

RUMPUT LAUT DI PERAIRAN PULAU BUNGURAN

KABUPATEN NATUNA

Irwandy Syofyan¹), Rommie Jhonerie¹), Yusni Ikhwan Siregar¹)

¹)Dosen Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Riau

Diterima : 30 Juli 2010 Disetujui : 15 Agustus 2010

ABSTRAK

Penelitian dilaksanakan di daerah perairan Pulau Bunguran Kabupaten Natuna. Tujuan penelitian untuk menentukan kesesuaian kawasan perairan untuk keramba jaring tancap dan rumput laut. Metode yang digunakan adalah metode survei dengan cara mengukur faktor lingkungan perairan. Proses penentuan kesesuaian kawasan tersebut dilakukan dengan menggunakan operasi spasial dengan memanfaatkan aplikasi SIG. Untuk menentukan kesesuaian kawasang digunakan metode weighted overlay. Penelitian didapatkan dominansi kesesuaian kawasan untuk kegiatan KJT dan rumput laut berada pada kelas sesuai yaitu sebesar 49,4%,

kemudian kelas sangat sesuai sebesar 31,1% dan tidak sesuai sebesar 19,5% di

perairan Pulau Bunguran.

PENDAHULUAN

Perkembangan usaha Keramba Jaring Tancap cukup signifikan ditengah masyarakat, namun diketahui bahwa penempatan keramba tersebut masih belum tertata dengan baik, Oleh karenanya sangat perlu dilakukan pengidentifikasian lokasi-lokasi yang cocok dan layak secara parameter guna pengembangan usaha KJT dan budidaya rumput laut ini.

METODE

Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode survai. Proses penentuan kesesuaian kawasan tersebut dilakukan dengan menggunakan operasi spasial dengan memanfaatkan aplikasi SIG. Operasi spasial tersebut merupakan operasi tumpang susun (overlay), dalam prosesnya operasi tumpang susun adalah adalah suatu proses penyatuan data spasial dan merupakan salah satu fungsi efektif dalam SIG yang digunakan dalam analisa keruangan. Weighted overlay merupakan sebuah teknik untuk menerapkan sebuah skala penilaian untuk membedakan input menjadi sebuah analisa yang terintegrasi. Weighted overlay memberikan pertimbangan terhadap faktor atau kriteria yang ditentukan dalam sebuah proses pemilihan kesesuaian.

Gambar 1. Diagram pengolahan data

HASIL

Hasil analisa spasial dengan menggunakan metode weighted overlay diperoleh tiga kesesuaian kawasan KJT dan Rumput Laut yaitu: sangat sesuai, sesuai dan tidak sesuai. Dominansi kesesuaian kawasan yaitu kelas sesuai sebesar 49,4% (76.491,63 Ha), kelas sangat sesuai sebesar 31,1% (48.193,92 Ha) dan tidak sesuai sebesar 19,5% (30.174,3 Ha).

 Gambar 2. Kelas kesesuaian kawasan KJT dan Rumput Laut Kelas

a.       Desa Pengadah, Kelanga, Tanjung dan Sepempang

Kawasan ada beberapa daerah yang sangat kecil sekali berada pada kelas tidak sesuai seperti pada sekitar Pulau Sahi di Desa Tanjung dan di sekitar Pulau Senoa, Desa Sepempang. Hal ini diakibakan karena hasil interpolasi kedalaman yang menggeneralisasi kedalaman perairan pada sekitar pulau-pulau tersebut.

Gambar 3. Kesesuaian kawasan KJT dan rumput laut di perairan Desa Pengadah,

          Kelanga, Tanjung dan Sepempang

  

a.       Desa Cemaga

Pada kawasan ini kelas sesuai mendominasi pada perairan ini, diikuti oleh kelas sangat sesuai dan tidak sesuai. Kelas tidak sesuai dapat ditemukan disepanjang garis pantai Tanjung Medang dan pada beberapa pulau kecil yang berada di kawasan Desa Cemaga.

Gambar 4. Kesesuaian kawasan KJT dan rumput laut di perairan Desa Cemaga

a.       Desa Pulau Tiga, Sabang Mawang dan Sededap

Hasil analisa kesesuaian kawasan terlihat sebagian besar kawasan pada perairan Pulau Tiga tidak sesuai khususnya pada bagian luar Pulau Tiga yang berada di bagian Barat Selatan dan Timur, namun pada perairan antar pulau (selat-selat) merupakan kawasan yang sangat sesuai dan sesuai untuk aktifitas KJT dan rumput laut.

Gambar 5. Kesesuaian kawasan KJT dan rumput laut di perairan Pulau Tiga

a.       Desa Kelarik

Kawasan ini cocok untuk melakukan kegiatan KJT dan rumput laut. Dominasi kelas kesesuaian sesuai dan sangat sesuai tersebar merata diperairannya. Kelas tidak sesuai hanya berada pada sekitar pulau-pulau kecil disekitar Desa Kelarik, ketidak sesuaian disebabkan oleh faktor kedalaman yang menjadi pembatas kesesuaian karena memiliki pengaruh yang paling besar diantara faktor-faktor lainnya.

Gambar 6. Kesesuaian kawasan KJT dan rumput laut di perairan Desa Kelarik

KESIMPULAN

1.      Analisa spasial kawasan P. Bunguran dengan menggunakan metode weighted overlay memberikan hasil bahwa dominansi kesesuai kawasan untuk kegiatan KJT dan rumput laut berada pada kelas sesuai yaitu sebesar 49,4%, kemudian kelas sangat sesuai sebesar 31,1% dan tidak sesuai sebesar 19,5%.

2.      Sebagian besar perairan di keempat desa tersebut layak dilakukan aktifitas KJT dan rumput laut karena kelas kesesuaian berada pada kelas sangat sesuai dan sesuai.

KRITIK

Jurnal ini cukup informatif dan menarik untuk dijadikan pembelajaran, akan tetapi jurnal ini hanya menampilkan kesesuaian dalam lokasinya saja. Akan lebih baik apabila dalam penelitiannya juga mengenai parameter-parameter yang cocok bagi budidaya rumput laut.

Aplikasi Bioinformatika dalam Akuakultur

APLIKASI PENANDA MOLEKULAR DALAM

PERIKANAN DAN BUDIDAYA PERAIRAN

Variasi genetik yang ada dalam suatu organisme merupakan komponen yang diperlukan dalam suatu spesies dan dapat meningkatkan kemampuan beradaptasi terhadap perubahan lingkungan. Variasi genetik yang muncul mengarah pada keragaman spesies maupum populasi. Data keragaman genetik diaplikasikan ke dalam penelitian konservasi, pengelolaan sumber daya alam dan program perbaikan genetik. Pengembangan penanda genetik molekular, penanda tersebut di gabungkan dengan perkembangan statistik yang baru sehingga dapat mengeksplor keragaman genetik. Berbagai penanda molekuler seperti protein, DNA, mt – DNA, mikrosatelit , SNP atau RAPD sekarang sedang digunakan dalam perikanan dan akuakultur. Tanda-tanda tersebut digunakan untuk penelitian budidaya seperti identifikasi spesies, variasi genetik dan perbandingan antara populasi liar dan hatchery.

1.      Aplikasi

            Selain penanda protein, penanda DNA merupakan penanda yang sudah diterima secara luas dalam genetika populasi. Penanda DNA dimanfaatkan variasi genetik di seluruh genom. DNA genomik dan mitokondria digunakan dalam bermacam aplikasi. Teknik ini sering digunakan adalah analisis allozyme, jenis polimorfisme panjang fragmen restriksi (RFLP), DNA polimorfik (RAPD), polimorfisme panjang fragmen (AFLP), mikrosatelit, polimorfisme nukleotida tunggal (SNP), dan penanda berurutan (EST ). Penanda molekuler diklasifikasikan ke dalam tipe penanda I dan tipe penanda II. Tipe penanda I terkait dengan gen dari fungsi yang diketahui, sedangkan tipe penanda II terkait dengan daerah genom anonim. Tipe penanda I berfungsi sebagai jalan untuk perbandingan dan transfer informasi genom dari spesies. Yang termasuk kedalam tipe penanda II yaitu seperti RAPDs, mikrosatelit, dan AFLPs, sedangakan tipe penanda I yaitu penanda allozyme.

2.      Penanda Allozyme

Penanda allozyme ini biasa digunakan dalam memeriksa populasi dan genetika pada ikan. Teknik ini cepat, murah dan memberikan perkiraan populasi ikan. Isohyet adalah bentuk molekul struktural berbeda dari sistem enzim dengan kualitatif fungsi katalitik yang sama dikodekan oleh satu atau lebih lokus (Markert et al., 1959). Isohyet yang dikodekan dari lokus gen yang sama dinamakan allozyme. Perbedaan asam amino dari polipeptida dapat merubah urutan DNA.

Protein yang dihasilkan tergantung pada sifat dari perubahan asam amino. Perbedaan frekuensi alel digunakan untuk mengukur dan membedakan populasi genetik. Kelemahan dari allozyme yaitu sering kali terjadi penumpukan DNA pada protein mengurangi tingkat variasi.

3.      Penanda Mitokondria

Mitochondrial DNA ( mtDNA ) merupakan analisis yang digunakan dalam populasi ikan dan survei filogenetik organisme. Mitokondria berakumulasi lebih cepat dibanding DNA inti. Tingkat mutasi lebih cepat dalam mtDNA disebabkan kurangnya mekanisme perbaikan selama replikasi ( Wilson et al., 1985). Analisis mtDNA telah terbukti berguna dalam menjelaskan hubungan antara spesies yang terkait erat . Bagian-bagian dari genom mitokondria diketahui berkembang pada tingkat yang berbeda (Meyer, 1993). Gen 16S rRNA dalam genom mitokondria adalah salah satu yang paling lambat gen berkembang. Molekul mtDNA dianggap sebagai lokus tunggal. Analisis mtDNA penanda telah digunakan secara luas untuk menyelidiki struktur tubuh di berbagai vertebrata termasuk ikan.

4.      Penanda RAPD

Penanda RAPD adalah produk yang diperkuat bagian kurang fungsional dari genom yang tidak bisa menerima seleksi pada tingkat fenotip. Daerah DNA tersebut dapat mengakumulasi mutasi nukleotida lebih dengan potensi untuk menilai diferensiasi genetik antar populasi (Mamuris et al., 2002). Keuntungan lain dari RAPDs yaitu sejumlah besar lokus dan individu dapat diputar secara bersamaan. Kekurangan dari jenis penanda yaitu kesulitan menunjukkan pewarisan Mendel lokus dan ketidakmampuan untuk membedakan antara homozigot dan heterozigot.  

5.      Polimorfisme Nukleotida Tunggal (SNP)

Polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) yaitu polimorfisme yang disebabkan oleh mutasi titik yang menimbulkan alel berbeda. Sebuah SNP dalam lokus dapat menghasilkan sebanyak dua alel, masing-masing berisi satu dari dua pasangan basa mungkin pada letak SNP. Sekuensi DNA telah menjadi teknik yang akurat dan paling banyak digunakan untuk SNP.

6.      Penanda Mikrosatelit

Mikrosatelit cenderung merata dalam genom pada semua kromosom dan seluruh kromosom, akan tetapi sekuensi berlawanan dengan hal tersebut. Sekuensi gen ditemukan di daerah gen pengkodean. Kebanyakan lokus mikrosatelit relatif kecil.

7.      Perkembangan Penanda Baru dalam Perikanan dan Budidaya

Berbagai jenis penanda DNA telah dikembangkan, termasuk Allozymes, mikrosatelit, RAPDs, mt-DNA dan SNP. Tanda tersebut menunjukkan tingkat variasi genetik yang di edarkan pada genom ikan. Adapun inisiatif baru untuk mempercepat upaya pembangunan penanda DNA, pemetaan genom dan identifikasi spesies, yaitu (EST) dan pengembangan barcode DNA pada beberapa spesies budidaya.

8.      Penanda ESTs

Penanda berurutan digunakan untuk mengidentifikasi gen dan menganalisis respon dari suatu organisme, hal ini membantu untuk menganalisis secara cepat dalam jenis jaringan tertentu, kondisi fisiologis tertentu, atau selama tahap-tahap perkembangan tertentu. Untuk pemetaan genom , EST yang paling berguna untuk pemetaan dan pemetaan linkage fisik dalam genomik hewan.

 Untuk selengkapnya dapat dilihat pada linkberikut ini http://sjournals.com/index.php/SJAs/article/view/683

Domestikasi Lobster (Cherax quadricarinatus)

Lobster air tawar (huna) Cherax sp adalah jenis endemik dan merupakan komoditas perikanan specifik lokal Jayawijaya, termasuk Famili Parastacidae dan Genus Cherax. Jenis Parastacidae terdistribusi hanya pada beberapa tempat yaitu di Australia Bagian selatan, Papua New Guinea dan Pegunungan tengah Irian (Morrissy, 1970). Sabar (1975) menyatakan bahwa di habitat alam Papua, terdapat 14 jenis crayfish air tawar dari marga Cherax, suku Parastacidae. Balai Budidaya Air Tawar Sukabumi telah mengoleksi beberapa spesies yang termasuk dalam genus Cherax asli Papua ini, namun yang teknik domestikasinya baik aspek reproduksi maupun pembesaran telah terkuasai dengan baik adalah huna biru asli Papua Cherax albertisii, dan huna capit merah Cherax quadricarinatus (red claw) asal Australia. Rendahnya tingkat pertumbuhan huna biru yang diberi pakan buatan diduga karena spesies ini masih berada pada tahap awal proses domestikasi, sehingga daya adaptasinya terhadap pakan buatan masih rendah. Sedangkan red claw telah mengalami perkembangan pesat dalam budidayanya di Australia, dan telah bertahun- tahun beradaptasi terhadap pakan buatan.

Harga

Menurut Kanna (2006) dalam Putra, A T dkk (2013) Lobster (Cherax quadricarinatus) merupakan salah satu komoditas perikanan yang mempunyai nilai ekonomis tinggi. Komoditas ini tidak asing di kalangan masyarakat penggemar makanan laut (sea food). Lobster terkenal dengan dagingnya yang halus serta rasanya yang gurih dan lezat. Jika dibandingkan dengan jenis udang yang lain, lobster memang jauh lebih enak. Tidak salah jika makanan ini disajikan di restoran-restoran besar dan hotel-hotel berbintang, karena harganya mahal, lobster biasanya hanya dikonsumsi oleh kalangan ekonomi atas. Hingga kini memang belum ada standarisasi harga lobster konsumsi di tanah air. Di seluruh Australia harga pasaran 1 kg lobster konsumsi saat ini seharga $Aus25 setara Rp175.000/kg (kurs Rp7.000). Harga di sana stabil karena produksi lobster konsumsi sudah stabil. Tapi harga jual rata-rata di tanah air Rp100.000-Rp125.000/kg